Solo
- Die Orgeln der Predigerkirche Basel, Psallite LC 0698, 1996
- Alessandro Poglietti, Oeuvres pour clavecin, Harmonia Mundi HMC 905242, 1998
- Michelangelo Rossi, Toccate et Corrente, ALPHA 077, 2005
- Gottlieb Muffat, Orgelwerke, PAN CLASSICS, PC 10224, 2010
Ensemble
- Diverse CD’s mit dem Ensemble La Fenice (RICERCAR), u.a. “Dialoghi venetiani” und J.S. Bach Ex libris (Opus 111, 2001)
- Bach Concerti, Die Freitagsakademie, ORF CD 282, 2002
- Giorno e notte, Conrad Steinmann u.a., DIVOX CDX 70006, 2002
- Telemann, Flötenkonzerte, Berliner Barocksolisten, EMI Classics 2002
- Ignazio Albertini, Sonates pour violon & basse continue, ALPHA 028
- J. S. Bach, Violin Concerto, Double Concertos, Akademie für Alte Musik, HMC 901876, 2005
- Weichet nur, betrübte Schatten, J.S. Bach Hochzeitskantaten, Susanne Ryden, Die Freitagsakademie, ORF CD 414, 2006
- Dietrich Buxtehude, Membra Jesu Nostri, René Jacobs, Schola Cantorum Basiliensis, DVD 2007
- Johann Heinrich Schmelzer, Sonate a Violine solo, Hélène Schmitt, Violine, Jan Krigovsky, Violone, Stephan Rath, Theorbe, Jörg-Andreas Bötticher, Claviorganum, ALPHA 2007
- Nicola Matteis, Ayrs for the Violin, ALPHA 141, 2009
- Travelogues of Italy, Die Feitagsakademie, WINTER & WINTER 910 158-2, 2010
- Leopold von Plawenn, Sacrae Nymphae op. 4, Institut für Tiroler Musikforschung Innsbruck 2010, Klingende Kostbarkeiten aus Tirol 75, 2011
- Carlo Zuccari, Violinsonaten. Plamena Nikitassova, Violine, Maya Amrein, Cello, Jörg-Andreas Bötticher, Cembalo, PAN CLASSIC, 2011 (Diapason découverte)
- Johann Sebastian Bach, Sonaten für Violine und Cembalo obligato, Chiara Banchini, Violine, Jörg-Andreas Bötticher, Cembalo. Zigzag (Paris), 2011 (Diapason d’or)
- Heinrich Schütz/Giovanni Gabrieli, Psalmen und Symphoniae sacrae, mit Les Cornets Noirs und der Capella Murensis, AUDITE, 2011
- Abendmusiken in der Predigerkirche 2013, Livemitschnitte, (CD exklusiv erhältlich in der Predigerkirche Basel)
- Gaspard Fritz, Violinsonaten; Plamena Nikitassova, Violine, Maya Amrein, Cello, Jörg-Andreas Bötticher, Cembalo, PAN CLASSIC, 2013
- Adagios & Fugues, W.A. Mozart after J.S. Bach, Akademie für alte Musik Berlin, Harmonia Mundi 2014 (darin: Allegro in c K Anh 44 & Fuga a due Cembali K 426, gespielt auf zwei Fortepianos zusammen mit R. Alpermann)
- Abendmusiken in der Predigerkirche 2014, Livemitschnitte, (CD exklusiv erhältlich in der Predigerkirche Basel)
- Antonio Caldara, Triosonaten; Amandine Beyer, Leila Schayegh, Jonathan Pesek, Matthias Spaeter, J.A. Bötticher, GLOSSA 2014 (Diapason d’or de l’année 2015)
- Abendmusiken in der Predigerkirche 2015, Livemitschnitte, (CD exklusiv erhältlich in der Predigerkirche Basel)
- The Violin’s Delight; P. Nikitassova, J. Behr, M. Müller, J.A. Bötticher, Claves 2017
- In Convertendo, Sacred music from the Düben Collection, Abendmusiken Basel, Jörg-Andreas Bötticher, Coviello Classics 2017
- Come to my Garden, my Sister, my Beloved, Voces Suaves, J.A. Bötticher, dhm 2018
- Giuseppe Peranda. Sacred Music from Dresden, Abendmusiken Basel, Jörg-Andreas Bötticher, Coviello Classics 2018
- Johann Rosenmüller, Sacred concertos, Wolf Matthias Friedrich, Abendmusiken Basel, Jörg-Andreas Bötticher, Coviello Classics 2019
- Balthasar Erben, Sacred Concertos from Danzig, Abendmusiken Basel, Jörg-Andreas Bötticher, Coviello classics 2020
- Nunc Dimittis, Music from the Düben Collection, Dominik Wörner, Kirchheimer DübenConsort, Jörg-Andreas Bötticher, Passacaille 2020
Radiosendungen
SRF 2
Parlando, 29.7.2012, Gabriela Kaegi im Gespräch mit J.-A. Bötticher
Hörpunkt Improvisation, 2.11.2012, mit P. Nikitassova
Fiori musicali, 1.7.2013, Nicolaus Bruhns (Abendmusik vom Mai 2013)
Fiori musicali, 7.12.2013, Heinrich Schütz (Abendmusik vom Januar 2013)
Fiori musicali, 3.2.2014, Johann Hermann Schein (Abendmusik vom August 2013)
Fiori musicali, 3.11.2014, Altbachisches Archiv (Abendmusik vom 12.1.2014)
Fiori musicali, 25.5.2015, Hans Leo Hassler (Abendmusik vom 11.1.2015)
Im Konzertsaal, 9.2.2023, Francesco Foggia (Abendmusik vom 8.1.2023)
Diskothek, diverse Sendungen http://www.srf.ch/sendungen/diskothek, aktuell: Archangelo Corelli, Concerto Grosso D-Dur, op 6. Nr. 4. Diskothek vom 13.2.2023
DVD
- Dietrich Buxtehude, Membra Jesu nostri, René Jacobs, Ensemble der Schola Cantorum Basiliensis (DVD Harmonia mundi 2007)
- Johann Sebastian Bach, Ich habe meine Zuversicht BWV 188, J.S. Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD A980)
- Johann Sebastian Bach, Falsche Welt, dir trau ich nicht, BWV 52, J.S. Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD B200)
- Johann Sebastian Bach, Christum wir sollen loben schon, BWV 121, J.S. Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD B201)
- Johann Sebastian Bach, Wachet! Betet! Betet! Wachet!, BWV 70, J.S. Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD B096)
- Johann Sebastian Bach, Ich geh und suche mit Verlangen, BWV 49, Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD B560)
- Johann Sebastian Bach, Jauchzet, frohlocket, BWV 248/1, Bach-Stiftung, Ltg. Rudolf Lutz (DVD B562)