Aufsätze
- “Generalbasspraxis in der Bach-Nachfolge”, in: Bach-Jahrbuch 79 (1993), Leipzig 1993, S. 103–126
- “Regeln des Generalbasses”. Eine Berliner Handschrift des späten 18. Jahrhunderts, in: Basler Jahrbuch für Historische Musikpraxis XVII (1994), Winterthur 1995
- “Singend denken”- und denkend singen? : zur Wechselbeziehung barocker Vokal- und Instrumentalpraxis. In: Singen und Gesangspraxis in der Alten Musik, Winterthur : Amadeus, 2003, S. 149–171
- “Eine sonderbahre Anmuth”. Grazie und Anmut in der Musik für Tasteninstrumente. In: In Organo Pleno. Festschrift für Jean-Claude Zehnder zum 65. Geburtstag, Peter Lang Bern usw., 2007, S. 277–326
- Vom “Amt des Recitanten”. Aufführungspraktische Hinweise aus Gottfried Heinrich Stölzels “Abhandlung vom Recitativ”. In: Improvisatorische Praxis vom Mittelalter bis zum 18. Jahrhundert, Winterthur: Amadeus, 2009, S. 245–264
- “In jeder Fingerspitze ein Theiß der musikalischen Seele”. In Concerto 251, S. 28–31 und 252, S. 14–16 (2013)
- “Folgenreiche Entdeckung. Früher Basso Continuo im Manuskript Carlo G.” In: Concerto 261, S. 24f (Mai 2015, zusammen mit Elam Rotem)
- “Gar stille halten wäre zu schlecht”. Zeilenzwischenspiele in der Choralbegleitung. In: M. Schwenkreis (Hg.), Kompendium Improvisation, Schola Cantorum Basiliensis Scripta, Basel Schwabe 2018
- “Bloß des Taktes wegen dastehen. Rhythmische Orientierung und Ausdruck in Dirigiergesten des 17. und 18. Jahrhunderts”. In: A. Stollberg, J. Weißenfeld, F. H. Besthorn (Hg.): Dirigentenbilder. Musikalische Gesten – verkörperte Musik, Basel Schwabe 2015, 73–94
- “Wo das Unsagbare hörbar wird – Musik und Transzendenz”, in: Heiner Schwenke (Hg.). Jenseits des Vertrauten, Transzendente Erfahrungen – Phänomene und Deutungen 2, Freibug/München, Karl Alber 2018, S. 66–103
- „D’une autre Espèce“, Überlegungen zum Prélude aus dem Premier Concert Royal von François Couperin, Jörg-Andreas Bötticher und Johannes Menke, in: Musik & Ästhetik, 25. Jahrgang, Heft 99, Juli 2021, Klett-Cotta Stuttgart, S. 6–24
- “Alte Musik – eine Gebrauchsanleitung”, in: Musik & Ästhetik, 26. Jahrgang, Heft 103, Juli 2022, Klett-Cotta Stuttgart, S. 66–77
Monographie
- A. J. Becking, J.-A. Bötticher, A. Hartinger (Hg.), Wie schön leuchtet der Morgenstern. Werkeinführungen der Basler Bachkantatenreihe, Basel, Schwabe-Verlag 2012
Lexikonartikel
- Artikel “Generalbass”, in: Musiklexikon MGG2, Sachteil Bd. 3, Kassel 1995, Sp. 1194–1256 (zusammen mit J. B. Christensen)
Notenausgabe
- Johann G. Graun, Triosonate C-Dur für zwei Flöten und Basso Continuo, Camerata Flauto Amadeus Nr. 130, Winterthur 1996
Konzerteinführungen (online auf Abendmusiken-Basel)
- Elias Nikolaus Ammerbach (April 2023, Konzertreihe Rerenaissance)
- Ignatio Donati (März 2018)
- Dietrich Buxtehude (Oktober 2016)
- Johann Herman Schein (Mai 2015)
- Kaspar Förster d.J. (April 2015)
- Johann Valentin Meder (März 2015)
- Hans-Leo Hassler (Januar 2015)
- Michael Praetorius (Juni 2014)
- Altbachisches Archiv (Januar 2014)
- Nicolaus Bruhns (Mai 2013, Mai 2014)
- Michael Praetorius (Dezember 2013)
- Samuel Scheidt (Oktober 2013)